1. Tanaman Pangan

Kabupaten Merauke adalah penghasil tanaman padi terbesar di Provinsi Papua. Pada tahun 2013 produksi padi di Kabupaten Merauke adalah sebesar 177.581,00 ton. Selama lima tahun kebelakang, produksi padi ini terus mengalami peningkatan. Produksi tertinggi di Kabupaten Merauke terdapat di Distrik Tanah Miring sebesar 56.444,00 ton.

Selain tanaman padi, Kabupaten Merauke juga memproduksi ubi jalar dengan cukup besar yaitu sebesar 5.065,10 ton. Di tahun 2013 Distrik Tanah Miring merupakan distrik dengan produksi ubi jalar tertinggi di Kabupaten Merauke.

2. Hortikultura

Di tahun 2013 tanaman kacang panjang merupakan tanaman sayuran dengan produksi tertinggi yaitu sebanyak 930,05 ton. Secara lebih lanjut luas panen terluas di Kabupaten Merauke adalah tanaman cabai yaitu sebesar 97,00 ha.

Selain tanaman sayuran, Kabupaten Merauke juga menghasilkan buah-buahan dalam jumlah yang cukup besar. Di tahun 2013 produksi buahbuahan terbesar di Kabupaten Merauke adalah pisang dengan total produksi sebesar 12.830,74 ton. Dimana produksiterbesar dihasilkan di Distrik Merauke sebanyak 3.849,75 ton.

3. Perkebunan

Pada tahun 2013 tanaman perkebunan yang banyak dihasilkan di Kabupaten Merauke adalah tanaman kelapa. Dimana total produksi tanaman tersebut adalah sebesar 547,50 ton dengan luas lahan seluas 6.576,00 ha.
Secara total luas lahan perkebunan di Kabupaten Merauke pada tahun 2013 mencapai hingga 28.453,50 ha.

4. Kehutanan

Di tahun 2013 luas hutan di Kabupaten Merauke seluas 4.672.346 ha. Luas ini tidak mengalami perubahan sejak tahun 2009 yang lalu. Di tahun 2013  volume penjualan produksi hasil kehutanan didominasi oleh kayu bulat dengan volume sebesar 154.858,76 m3.

5. Peternakan

Pada tahun 2013 jumlah hewan ternak di Kabupaten Merauke mencapai hingga 46.441 ekor. Dimana jumlah ini didominasi oleh sapi potong sebesar 68,47 persen. Selain ternak, di Kabupaten Merauke juga terdapat populasi unggas yang mencapai hingga 1.390.309 ekor dengan dominasi oleh ayam kampung sebanyak 953.975 ekor.

6. Perikanan

Selain tanaman padi, sektorperikanan di Kabupaten Merauke juga merupakan yang terbesar di Provinsi Papua. Dengan jumlah produksi ikan di Kabupaten Merauke pada tahun 2013 sebanyak 58.222.356 kg. Selain itu pemasaran ikan hias antar pulau di Kabupaten Merauke juga cukup tinggi dimana pada tahun 2013 mencapai hingga 4.588.370 ekor. Pada tahun tersebut terdapat sebanyak 20.386 orang nelayan di Kabupaten Merauke serta 5.845 rumah tangga perikanan.
Dimana rumah tangga perikanan tersebut mencakup pembudidaya (5,37 persen), penangkapan (88,47 persen), pengolahan (4,01 persen) dan pengumpul (2,22 persen).