I.

Sekretariat Daerah (SETDA)

1.

Sekretaris Daerah

2.

Asisten Bidang Pemerintahan

1. Bagian Pemerintahan dan Otonomi Daerah

2. Bagian Pengelola Perbatasan Negara

3. Bagian Hukum

3.

Asisten Bidang Perekonomian dan Pembangunan

1. Bagian Perekonomian

2. Bagian Infrastruktur dan Sumber Daya

4.

Asisten Bidang Administrasi Umum

1. Bagian Kesejahteraan Rakyat

2. Bagian Organisasi

3. Bagian Umum

4. Bagian Protokoler Kerja Sama dan Komunikasi Publik

II.

Sekretariat DPRD

1.

Sekretaris DPRD

2.

Bagian Umum

3.

Bagian Persidangan dan Risalah

4.

Bagian Keuangan

III.

Dinas - Dinas Daerah

1.

Dinas Pendidikan dan Kebudayaan

2.

Dinas Kesehatan

3.

Dinas Pekerjaan Umum, Penataan Ruang dan Pertanahan

4.

Dinas Perumahan Rakyat dan Kawasan Pemukiman

5.

Dinas Sosial

6.

Dinas Perikanan

7.

Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi

8.

Dinas Pertanian

9.

Dinas Perindustrian dan Perdagangan

10.

Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil

11.

Dinas Perhubungan

12.

Dinas Perpustakaan dan Kearsipan Daerah

13.

Dinas Komunikasi dan Informatika

14.

Dinas Pemuda Olahraga dan  Pariwisata

15.

Dinas Pemberdayaan Masyarakat Kampung

16.

Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak, Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana

17.

Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu

18.

Dinas Lingkungan Hidup

19.

Dinas Ketahanan Pangan, Peternakan dan Kesehatan Hewan

20.

Dinas Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah

IV.

Lembaga Teknis Daerah

1.

Inspektorat

2.

Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia

3.

Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, Penelitian dan Pengembangan

4.

Badan Pengelola Keuangan dan Asset Daerah

5.

Badan Pendapatan Daerah

6.

Badan Kesatuan Bangsa dan Politik

7.

Satuan Polisi Pamong Praja

8.

Rumah Sakit Umum Daerah

9.

Distrik 

1. Distrik Merauke

2. Distrik Semangga

3. Distrik Tanah Miring

4. Distrik Jagebob

5. Distrik Muting

6. Distrik Ulilin

7. Distrik Elikobel

8. Distrik Kurik

9. Distrik Okaba

10. Distrik Kimaam

11. Distrik Sota

12. Distrik Animha

13. Distrik Naukenjerai

14. Distrik Malind

15. Distrik Tubang

16. Distrik Ngguti

17. Distrik Kaptel

18. Distrik Tabonji

19. Distrik Ilwayab

20. Distrik Waan

10.

Kelurahan

1. Kelurahan Mandala

2. Kelurahan Bambu Pemali

3. Kelurahan Seringgu Jaya

4. Kelurahan Samkai

5. Kelurahan Karang Indah

6. Kelurahan Maro

7. Kelurahan Kelapa Lima

8. Kelurahan Rimba Jaya

9. Kelurahan Kamahedoga

10. Kelurahan Kamundu

11. Kelurahan Muli

11.

Staf Ahli

1. Staf Ahli Bupati Bidang Pemerintahan, Hukum, Poliltik dan Publik

2. Staf Ahli Bupati Bidang Ekonomi, Keuangan dan Pembangunan

3. Staf Ahli Bupati Bidang Sosial, Budaya, Kemasyarakatan dan SDM

V.

Unit Pelayanan Teknis Terpadu (UPTD)

1. UPTD Koordinator Penyelenggaraan Pendidikan dan Pengajaran

2. UPTD Sanggar Kegiatan Belajar

3. UPTD Gudang Farmasi

4. UPTD Loka Latihan Kerja

5. UPTD Bengkel Bina Marga

6. UPTD Pengujian Kendaraan

7. UPTD Pengelolaan Terminal

8. UPTD Rumah Potong Hewan

9. UPTD Balai Pembibitan Ternak

10. UPTD Balai Benih Ikan Wasur

11. UPTD Pengelola Pasar.