Dari sejarah, diketahui merauke ditemukan pada tanggal 12 Februari 1902. Orang luar yang pertama menetap di sana adalah pegawai pemerintah Belanda. Mereka mencoba untuk hidup diantara dua suku asli yaitu Marind Anim dan Sohoers. Mereka berjuang keras melawan keganasan alam (termasuk pemburu kepala). Lama kelamaan tempat tersebut mengalami pertumbuhan yang sangat cepat sehingga menjadi sebuah "kota". 

Dari Merauke orang Indonesia, Eropa dan Cina, mulai untuk "menyerbu" hutan di selatan nugini untuk memburu burung sebanyak mungkin. Ketika pemerintah Belanda melarang perburuan, mereka semua kembali ke Merauke untuk menghabiskan uang yang mereka dapatkan. Hal ini yang menyebabkan mengapa di kemudian hari populasi penduduk di Merauke tidak banyak, ini dikarenakan Merauke adalah kota untuk para pendatang (orang asing).  Namun sekarang, banyak penduduk asli Papua yang mulai menetap di Merauke.

Asal mula nama "Merauke" sebenarnya berasal dari sebuah salah paham yang dilakukan oleh para pendatang pertama. Ketika para pendatang menanyakan kepada penduduk asli apa nama sebuah perkampungan , mereka menjawab " Maro-ke" yang sebenarnya berarti "itu sungai Maro". Orang Marind berpikir bahwa sungai maro (yang lebarnya 500m) lebih penting dari nama area tempat sebuah hutan yaitu Gandin. Penduduk asli papua sendiri menyebut area tempat kampung tersebut terletak dengan mana " Ermasoek".

Secara politis administratif, kota Merauke dulunya merupakan pos pemerintah Belanda yag digunakan sebagai transit bagi para republikan untuk menuju Boven Digoel. Setelah wilayah Irian Jaya berintegrasi dengan Pemerintah Belanda tahun 1963, kemudia kota tersebut ditetapkan sebagai Ibukota Kabupaten Dati II Merauke dan setelah periode Penentuan Pendapat Rakyat (1963-1969).