Kabupaten Merauke bersama 8 (delapan) Kabupaten Otonom lainnya dibentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 1969 Tentang Pembentukan Provinsi Otonom Irian Barat dan Kabupaten-Kabupaten Otonom di Provinsi Irian Barat. Saat itu Kabupaten Merauke, meliputi : 5 (lima) Wilayah Kepala Pemerintahan, yaitu : Kepala Pemerintahan setempat Merauke, Tanah Merah, Mindiptana, Agats dan Mapi/Kepi yang terdiri dari 30 Distrik dan 513 Kampung/ Kelurahan.

Pada Tahun 2002 berdasarkan Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2002, Wilayah Kabupaten Merauke dimekarkan menjadi 4 (empat) Kabupaten, yaitu : Kabupaten Merauke (Kabupaten Induk), Kabupaten Boven Digoel, Kabupaten Mappi dan Kabupaten Asmat. Kabupaten Merauke sendiri setelah pemekaran wilayah pada Tahun 2002 terdiri dari 5 (lima) Distrik yang membawahi 160 Kampung dan 8 Kelurahan. Menyusul Peraturan Daerah Kabupaten Merauke Nomor 5 Tahun 2002 Tanggal 14 Desember 2002, wilayah Kabupaten Merauke dimekarkan menjadi 11 (sebelas) Distrik, yaitu : Distrik Merauke, Distrik Semangga, Distrik Tanah Miring, Distrik Kurik, Distrik Jagebob, Distrik Sota, Distrik Muting, Distrik Elikobel, Distrik Ulilin, Distrik Okaba dan Distrik Kimaam.

Secara nyata percepatan Pembangunan Wilayah, Penyelenggaraan Pemerintahan dan Pelayanan Masyarakat di Kabupaten Merauke telah dilaksanakan dengan maksimal dan dengan kesungguhan hati secara terintegrasi dan berkesinambungan untuk mewujudkan masyarakat Merauke yang mandiri dan sejahtera dalam kesatuan kerukunan hidup nasional. Akan tetapi, masih terdapat berbagai persoalan yang terkait dengan pelaksanaan pembangunan, penyelenggaraan pemerintahan dan pelayanan masyarakat? karena berbagai keterbatasan sumber dana, sumber daya manusia, keterbatasan ketersediaan infrastruktur dan luasnya wilayah pelayanan dengan penyebaran penduduk yang tidak merata di berbagai wilayah terpencil, terisolir dan perbatasan RI-PNG di Kabupaten Merauke.

Sesuai dengan aspirasi masyarakat yang berkembang dan sebagai bentuk kepedulian Pemerintah dalam rangka meningkatkan pendekatan pelayanan kepada masyarakat serta untuk meningkatkan pembangunan wilayah khususnya masyarakat yang terpencil, terisolir jauh dari jangkauan pelayanan pemerintahan, dilakukan Pemekaran Wilayah dengan harapan kualitas pelayanan secara optimal dapat diberikan kepada.

Kemudian pada Tahun 2006 dilakukan lagi pemekaran Distrik dari 11 Distrik menjadi 20 Distrik, 4 Distrik yang di mekarkan adalah Distrik Kimam, Distrik Okaba, Distrik Kurik dan Distrik Merauke. Pemekaran Distrik tersebut didasarakan pada Peraturan Daerah Kabupaten Merauke Nomor 2 Tahun 2006 Tanggal 1 Juli 2006 Tentang Pembentukan Distrik Naukenjerai, Distrik Animha, Distrik Malind, Distrik Tubang, Distrik Ngguti, Distrik Kaptel, Distrik Tabonji, Distrik Waan dan Distrik Ilwayab. Dengan dilakukannya Pemekaran Kedua kalinya maka Kabupaten Merauke saat ini terdiri dari 20 (Dua Puluh) Distrik, 11 (Sebelas) Kelurahan dan 179 (Seratus Tujuh Puluh Sembilan) Kampung.